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《意见》最大的亮点就是实现了三个突破：一是理论上有突破。提出农垦是中国特色农业经济体系不可或缺的重要组成部分，明确了新时期农垦在国家全局中的战略地位，就是要成为保障国家粮食安全和重要农产品有效供给的国家队、中国特色新型农业现代化的示范区、农业对外合作的排头兵、安边固疆的稳定器。
二是改革上有突破。提出要坚持社会主义市场经济改革导向，以垦区集团化、农场企业化为主线，重点回答了垦区怎么改、农场怎么改，以及人员、资产和土地管理体制机制等怎么办的问题，但同时又结合农垦实际提出了“一个机构、两块牌子”、“管办分离、购买服务”等改革过渡路径。
三是政策上有突破。提出要实现“一个同步实施、两个全面覆盖”，即各项规划要在农垦同步实施，国家强农惠农富农和改善民生政策要在农垦全面覆盖。创新财政资金投入方式，提出要以财政性资金为先导设立中国农垦产业发展基金。创新农垦土地管理方式，提出要管理好、保护好、利用好农垦国有土地，稳步推进农垦土地资产化和资本化。
