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吕秀莲的祖籍地之旅
在双方眼里，都“很不了解对方”。在吕秀莲与统战系统官员座谈时，吕秀莲曾称，其在北京与统战系统官员座谈时，“我告诉他们台湾的民意分布状况时，他们很吃惊，他们认为台湾民众都想快点回归祖国。我告诉他们一些数据，他们也觉得我给他们提供了不一样的信息。
本次大选蔡阵营的“操盘手”邱义仁也曾在90年代登陆。1998年7月，时任民进党秘书长的邱义仁到厦门，参加厦门大学台湾研究所主办的两岸关系研讨会。由于其秘书长的身份，因此被台湾媒体称为“50年来台湾各主要政党中在任最高党职到大陆的第一人”，并认为这是历史性的突破。
邱义仁回台北后，立即举行记者会，指出：“目前的美、中、台关系已往中共倾斜，如果台湾的回应只是拒绝两岸往来，只是说‘不要’，对台湾不利，台湾将成为‘麻烦制造者’，因此台湾必须与中国大陆多接触、了解。”他还认为，在两岸关系上“民进党不该再扮黑脸”。
当然，对于民进党的“台独”党纲，两岸也有很多激烈讨论。许信良这样回忆自己与统战官员的沟通：“国民党认为大陆与台湾的‘主权’是一体的，民进党却主张主权要分割处理。”而陈水扁在登陆时，更是带来他仿照两德条约写成的《中华民国与中华人民共和国基础条约》,还要求见国务院副总理钱其琛，但未能如愿。
1996年台海危机之后，海基会副秘书长率三党代表团访问北京，此间便有民进党“中国事务部”主任颜万进，海基会的考虑是：“民主政治政党轮替是平常之事，如果民进党有一天执政，毫无大陆经验对台湾是非常危险的事。”
参访中国战略与管理研究会时，颜万进问了两个问题“如果台湾局势有了变化，宣布独立，请问解放军态度如何?”研究会秘书长秦朝英立刻答复：“四个字，遇独必打”。颜再问：“如果台湾宣布独立，美军协防台湾，请问解放军态度如何?”秦秘书长答复：“八个字，他打他的，我打我的。”
