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此外，中央台办被批纪律规矩意识淡薄，存在以工作特殊性为由规避监管的现象，违反工作纪律、违规拉赞助收捐赠、违规收受礼品馈赠、利用工作关系为亲属谋取便利等问题时有发生;经费监管不够到位，直属单位管理比较薄弱，违规违纪问题多有发生。
中直管理局被批重点岗位的一些干部长期不交流，存在廉政风险。
交通运输部则被指一些单位政企不分、政事不分、事企不分，层层经商办实体，为小团体谋利，有的社团组织依托行政权力充当“红顶中介”，开展市场推广、评审或培训等工作，违规收取巨额费用，获取垄断收入，扰乱市场秩序，滋生腐败问题。
两家媒体被指新闻敲诈、发人情稿
作为本轮巡视涉及到的媒体机构，人民日报社和求是杂志社作为中央直属事业单位，在本轮巡视中也颇受关注。而这两家单位也被指利用自身资源牟利或搞人情关系。
巡视反馈中显示，人民日报社被指对下属单位监管缺失，一些社属媒体“打擦边球”、“踩红线”、违反宣传纪律的行为时有发生，有的国内分社利用党报资源搞合作开发牟利，有的下属单位存在有偿新闻、有偿不闻和新闻敲诈现象。
求是杂志社则在个别文章刊发政治上把关不严，出现纰漏，同时存在刊发关系稿、人情稿的问题;内部管理不够严格，存在庸懒倦怠问题;对社属企业的监管不到位，廉政风险较大。
中央第四巡视组组长马瑞民代表中央巡视组向人民日报编委会提出意见建议，其中就包括要加强内部监督管理，完善社属媒体及企业管理体制机制，强化对重大项目和资金的监管，清理整顿利用党报党刊资源搞合作开发的项目，严厉打击有偿新闻、有偿不闻、新闻敲诈等行为，坚决纠正利用新闻权非法谋利行为。
针对求是杂志社在巡视中出现的问题，马瑞民强调，杂志社要加强内部管理，整顿庸懒倦怠风气，营造干事创业的良好氛围。此外，还要强化对下属单位的监管，对利用党刊资源搞合作开发的情况进行清理，妥善解决社属企业经营管理中存在的廉政风险问题。
