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同一年，《南方周末》以一篇《跨国调查“中国母亲”胡曼莉》报道，将胡曼莉推进舆论漩涡。一时间，胡曼莉对孤儿学校的管理以及对慈善捐款的使用，引发了外界对她的质疑。
2002年2月28日，经过半年多的审理，由美国“妈妈联谊会”会长张春华状告胡曼莉侵犯知情权、善款使用违背捐赠医院的捐赠纠纷一案，一审判决胡曼莉败诉。同年8月29日，云南省高院二审判决维持原判，要求丽江妈妈联谊会返还90多万元给美国“妈妈联谊会”。
2007年2月，丽江市民政局作出对丽江妈妈联谊会予以撤销登记的行政处罚。胡曼莉也于2007年7月9日申请辞去学校校长职务及学校法人代表。
随后，胡曼莉也逐渐“隐退”。她于2010年接受丽江读本采访时曾表示：“如果我真做了外界说的那些事情，犯错的高官都能下马，更何况我，人家肯定早把我抓起来了。我相信，在中国这样一个法制社会，是讲证据的。只要自己是清白的，就没有什么可恐惧的。”
