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帮助药企调整药价
自2004年起，周望军开始担任国家发改委价格司副司长，并分管政策法规处、价格调控处、医药价格处和综合处等部门。在此期间，周望军涉嫌帮助诸多药企在调价上提供帮助获取好处。
有关人士介绍，我国的药品定价绝大部分通过市场定价，归口国家发改委价格司医药处定价的主要是两种：一是医保目录药品价格的审批;二是麻醉品、毒品等等特殊药品的价格审批。
两者申报的程序基本相似，即企业有新药上市，则通过省发改局、物价局等部门向国家发改委打报告。
如果药品要纳入医保目录，国家发改委价格司会将报告放入药品价格评价中心进行评审，然后根据意见进行定价。
除申报之外，在价格司还有一种单独定价机制。所谓药品单独定价就是根据2001年国家计委(发改委的前身)发布的《关于单独定价药品价格制定有关问题的通知》，企业生产经营列入政府定价范围的药品，因其产品有效性和安全性明显优于或治疗周期和治疗费用明显低于其他企业同种药品、且不适宜按《政府定价办法》第六条规定的一般性比价关系定价的，可以申请单独定价药品。
业界认为，这其中存在较大水分。在药品价格改革倒逼下，一些企业则向周望军行贿获得药品提价或者“少降价”。相关人士介绍，安徽一医药集团董事长朱某，为获得疏风解毒胶囊价格扶持，涉嫌多次、累计向周望军行贿20余万元。而贵州某制药企业为了达到一款主导药品“少降价”，其董事长张某则得到了周望军的帮助，为此张亲自送给了周望军近20万元的感谢费。
接近案情的人士告诉记者，凡是办成的事情，周望军都不记得，而那些没办成的事情，周望军都记得。“无论办成还是没办成，只要有人送钱，周望军都会照单全收。”
知情人士透露，经人介绍香港某公司负责人严某第一次见到周望军后，就送了他1万美元。“公司研发了一种治疗小儿咳嗽的药，但药品成本很高，如果降价，企业就死了，希望能够获得到单独定价资格。”
按照业内说法，单独定价则意味着价格远远高于同类药品价格。2015年4月广东省药品交易中心官方网站公布数据显示，第一轮基药招标的“克拉霉素”目录里，西安大恒生产的克拉霉素软胶囊为5类新药，即只改变了剂型，但其用途、服用次数均没有改变，但价格就比普通胶囊高出22倍。
之后，周望军找到价格司医药处获得的答案是，单独定价已经暂停。时值2012年前后，严某先后送给周望军3万美元。“广东的习惯就是什么也不说，爱发红包。”在周看来，这3万美元只是红包而已。
没有办成单独定价的还有一家安徽药企，该公司号称研发了一种感冒特效药，可以治非典，但成本高，需要单独定价。不过，该公司董事长先后送了周望军十几万元之后，事情并没有办成。
但对于群众抱怨药价高，周望军在任时，曾公开指出问题出在“以药养医”的机制上。2006年底，发改委曾宣布对99种药进行降价，但不久之后，媒体即发现不少药品“旧药换新瓶”，在变更包装、名称等后，价格不降反涨。
2005年，黑龙江哈尔滨爆出550万元天价医疗费事件后，时任价格司副司长周望军痛斥道：“他们和拿刀抢人没有区别!”他还曾就医疗收费问题多次撰文，细致呈现背后所存在的问题。
