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黄花蒿和青蒿有些相似，两种植物都是菊科蒿属，而且味道相似。但是黄花蒿的头状花序接近球状，花序较小，长宽大概有1.5毫米;而青蒿的头状花序呈半球形，花序较大，直径大概为3-4毫米。黄花蒿的茎下部叶多为三至四回羽状深裂，中部叶多为二至三回羽状深裂，上部叶渐小，常为一回羽状深裂，且叶面绿中透黄，叶裂片轴有狭翼;青蒿的茎下部叶多为二至三回栉齿状羽状深裂，中部叶多为二回栉齿状羽状深裂，上部叶渐小，多为一回栉齿状羽状深裂，且叶面不绿中透黄，叶裂片轴有不甚规则的羽片。而制作青蒿素的植物却并不是青蒿，而是黄花蒿。
