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李建功认为，“证据不足”的前提是要有直接或间接证据指向其犯罪，只是达不到建立可以认定事实的证据体系，而本案在排除了非法证据以后，无任何证据指向他，“足”与“不足”的问题无从谈起。因此，依据《刑事诉讼法》第233条规定，李建功就一审法院适用法律问题提出上诉，请求对无罪判决适用法律进行审查，并进行修正。
农二师法院认定李建功无罪，依据的是刑诉法第二百条第三项，即，证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
以及两高三部《关于办理刑事案件严格排除非法证据若干问题的规定》第三十五条，即，人民法院排除非法证据后，案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决;证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决;案件部分事实清楚，证据确实、充分的，依法认定该部分事实。
李建功认为，上述法条适用错误，应依据刑诉法第二百条第二项认定其无罪，即，依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决。
“(希望二审法院)让上诉人得到事实清楚的、彻底的无罪，提高刑事司法过程中对排除非法证据程序的认识，以及该程序应有的法律效果，健全错案有效防范、及时纠正机制，建立科学的司法理念，进而推动司法文明。”李建功在上诉状中写道。
