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竹立家、唐钧等专家则对此提出了看法，他们认为北京市去年出台的事业单位改革文件也存在一些难点和疑问，比如，对于取消事业编制之后，涉及高校和公立医院的财政经费、户籍管理、出国交流、住房补贴等问题，该文件中并未有明确规定，只是强调相关部门应准确把握事业单位改革总体要求，依据有关规定加强管理。
转制成本
新一轮事业单位改革于2011年启动，按照人社部、中编办等方面的计划，2015年要完成事业单位分类改革，到2020年，则要建立起功能明确、治理完善、运行高效、监管有力的事业单位管理体制和运行机制。
前述接近人社部专家所说，包括高校、公立医院、中小学在内，现在全国事业单位非编制内的职员，目前官方还没有做过完整的统计，但少说也有数百万人，在下半场的事业单位改革中，对这些编制外人员的安排是其中的一个重点和难点。
现在国家针对事业单位的政策，编制是岗位设置、核定收支和财政给予补助的依据，全额拨款、差额拨款都是按照在编人员的数量，由财政全部或者部分负担，业内称之为“人头费”，编制外人员享受不到国家财政的“庇护”。这次人社部官员对外透露下一步将取消高校、公立医院的事业单位编制后，引发业内最为关注的是，国家对高校、公立医院的差额拨款政策，未来将会有怎样的改变。
唐钧较为担忧的是，在实施机关事业单位养老保险缴费制度之后，高校和公立医院的财政负担已明显加大，未来取消事业编制，将高校和公立医院进一步推向市场，会不会也相应加大高校和公立医院的财政负担。
