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尽管主管部门从政策上打开了民间中医合法化的通道，但中医药界人士对于该管理办法的争议仍存。
中国中医科学院首席研究员、中国针灸学会会长、世界针灸学会联合会主席刘保延曾在《中医药法》实施后表示，民间中医是中医药的重要补充，但经过几十年的中医药正规教育和执业化管理，绝大多数行之有效的方法不是在民间，所以在“转正”民间中医时要进行很好的鉴别，将那些确有专长、安全性好的民间中医找出来，杜绝那些安全性差、疗效不确切的民间疗法，是非常关键的环节。
“如果不认真甄别，鱼龙混杂，只会使此项法规的意义体现不出来。‘好事办好’是关键。”刘保延说。
“漏洞”难堵
在谈判过程中，李阳所报名的培训班负责人反复强调，此次机构大范围的报名审核通过失败，源于广东省中医药管理局在材料审核时过严。更有一些网络声音称，其他省份的考核通过率高达70%，而深圳市此次考核通过率不足1%。
据记者从广东省中医药管理局官网获悉，在此次考核中，全省共有140人获得报名资格，最终共90人通过考核，考核通过率达到64.2%。
真正卡住落选考生的是获得考试资格前的三次资料审核。
根据《办法》规定，考生在提交报名资料后，需经过区(县)、市、省三级中医药管理部门的初审、复审和终审，通过之后才可获得最终的中医确有专长考核资格。
不同于执业医师的考试，获得报名资格的人员，在考核时主要采取专家现场集体评议的方式，以现场陈述问答、回顾性中医医术实践资料评议、中医药技术方法操作等形式为主，必要时采用实地调查核验等方式评定效果。
为保证中医专长医师的质量，《办法》对报名参加考核的考生提出“五年”的临床实践要求，这也是区(县)、市、省三级中医药管理部门的初审、复审和终审时，主要审核的内容。
第一种以师承方式学习中医的，申请参加医师资格考核时要求已连续跟师学习中医满五年;第二种则是经多年中医医术实践的，要求具有医学渊源，在中医医师指导下从事中医医术实践活动满五年或者《中医药法》施行前已经从事中医医术实践活动满五年的。
