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而面临“无鱼可吃”的，不仅仅是人类，还有长江里的珍稀水生生物。中科院水生所鲸类保护生物学科组副研究员郝玉江研究发现，上世纪90年代前后，长江江豚自然种群开始呈现加速衰退趋势。通过对收集到的死亡江豚信息构建了种群动态生命表，他们发现自然江豚种群参数发生了显著变化，具体表现是：在1993年以后，长江江豚种群的世代周期变短，新出生的江豚中，雄性后代比例增多。
“我们推测，这可能与过度捕捞以及环境恶化造成的渔业资源严重衰退有关。”郝玉江尝试用“生态陷阱”假说来解释这一现象。在没有人类过度干预的情况下，长江江豚种群动态与饵料鱼资源之间会保持一个动态平衡关系。然而，由于人类活动的过度干预(过度捕捞、环境恶化等)，长江渔业资源严重衰退成为一个总趋势，给长江江豚种群持续传递渔业资源减少的信号，因此江豚种群则持续偏向于产生更多的雄性后代，由此造成了其种群的快速衰退。
2012年，江豚数量下降速度从6.5%上升至13.7%。如果按照这个速度推算，最快15年后长江干流可能再无江豚。郝玉江记得，这一结果使相关主管部门受到极大震动，也引起社会各界的高度关注，长江江豚以及长江生态的保护问题也很快成为社会关注的焦点。
除了江豚，长江的其他珍稀特有物种资源也在全面衰退。长江办对《中国新闻周刊》介绍，白鲟、长江鲟多年未见，白鱀豚在2007年被宣布功能性灭绝，中华鲟数量锐减，野生河鲀数量极少，刀鱼的价格一度被炒至8000多元一斤的天价。长江上游有79种鱼类为受威胁物种，居国内各大河流之首。
